1、物理阻隔

江河不但是生態(tài)系統(tǒng)可持續(xù)發(fā)展的紐帶，在水生生物的營養(yǎng)輸送、生物多樣性繁衍和生物遷徙等方面起著不可替代的作用。當(dāng)進行水利水電工程建設(shè)時，工程施工會阻斷江河的上下游物質(zhì)交換，使江河的連通性降低，會對水生生物產(chǎn)生不利影響。在長期自然演變過程中，一些水生生物形成在不同水域進行遷徙的習(xí)慣，但水利水電工程的建設(shè)阻斷了其洄游的線路，阻斷了不同生物的遺傳交流，使群體喪失多樣性遺傳，降低了適應(yīng)能力。

2、水文水質(zhì)脅迫

江河在發(fā)展過程中受氣候變化和地形影響形成自身可持續(xù)發(fā)展的水文環(huán)境和特征，這些環(huán)境對水生生物的多樣性繁衍起到促進作用。水生生物在長期繁衍過程中對水文水質(zhì)等都養(yǎng)成需求的習(xí)慣，當(dāng)水利水電工程建設(shè)改變了江河的天然的徑流時，江河上游和下游的徑流在時間和空間分布、水溫結(jié)構(gòu)、水沙情況等都將發(fā)生變化，會對水生生物的繁衍和豐度產(chǎn)生不利的影響。水利水電工程建設(shè)過程中蓄水庫的建設(shè)使江河水位升高、水體流速降低、泥沙沉降嚴(yán)重、水溫產(chǎn)生分層、漲潮反季節(jié)等現(xiàn)象出現(xiàn)。水庫使江河水流速度降低在一定程度上適合生物多樣性繁衍和產(chǎn)量增加，但蓄水庫對生態(tài)的快速變化使水生生物面臨滅絕的危險，不利于水生生物的多樣性繁衍。